Güdümlü proje desteği teklif çağrısı yöntemi uygulanmadan doğrudan destek sağlamaya yönelik olarak uygulanan Ajansın destek türlerinden biridir. Bölge planında belirlenen öncelikler doğrultusunda, konusu ve koşulları Ajans öncülüğünde ve yönlendirmesinde belirlenen özel nitelikli model projelere verilen istisnai bir destek türüdür.
Bu destek türünde Ajans, ilk fikri oluşturma aşamasından itibaren genel çerçevesini ortaya koymuş olduğu projeyi uygulayacak muhtemel tarafları bir araya getirir. Bu projelerde üniversite, kamu kesimi, özel kesim ve sivil toplum kuruluşlarının ortaklıkları teşvik edilir. Güdümlü projenin geliştirilmesi sürecinde ajansın koordinasyonunda muhtemel proje sahibi ve ortaklarınca Bakanlık tarafından belirlenen esaslara uygun olarak kesin projeye dayanan fizibilite raporu hazırlanır. Projenin fizibilite etüdüyle yapılabilirliği ortaya konduğu takdirde projeye ait iş planı, bütçe ve taahhütnameler gibi fizibiliteye esas teşkil eden diğer belgeler de fizibilite raporuyla birlikte Yönetim Kurulu ve ardından Bakanlık onayına gönderilir. Söz konusu proje önerisi ve fizibilite raporu ile rapora esas teşkil eden diğer belgeler Bakanlık tarafından uygun görüldüğü takdirde proje Ajans tarafından desteklenebilir.
