Ajansın organizasyon yapısı 5449 sayılı Kanun'un 7'inci maddesinde belirtilmiştir. Buna göre; Ajans Kalkınma Kurulu, Yönetim Kurulu, Genel Sekreterlik ve Yatırım Destek Ofisinden müteşekkildir. Aynı kanunun ilgili maddelerine göre Yönetim Kurulu karar organı, Kalkınma Kurulu danışma organı, Genel Sekreterlik icra organıdır. Kalkınma Ajansları Çalışma Usul ve Esasları Hakkında Yönetmeliğin 29. Maddesi gereğince Yönetim Kurulu´nun 16.12.2009 tarih ve 2009/5 sayılı kararı ile Ajansın teşkilat şeması aşağıda verilmektedir.

 

 

 
Kalkınma Kurulu
Kalkınma Kurulu, ajansın danışma kuruludur. Bölgesel gelişme hedefine yönelik olarak; bölgedeki kamu kurum ve kuruluşları, özel kesim, sivil toplum kuruluşları, üniversiteler ve yerel yönetimler arasında işbirliğini geliştirmek ve ajansı yönlendirmek üzere kalkınma kurulu oluşturulur. Kalkınma kurulu 100 üyeden oluşmaktadır.